布鲁克海文蛋白质数据库文件结构 (布鲁克海文官网)

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• 布鲁克海文蛋白质数据库文件结构
• S1E5 XRD物相剖析 晶体结构数据库

布鲁克海文蛋白质数据库文件结构

在蛋白质晶体结构数据库PDB中，蛋白质分子结构以独立的文件方式记载，这些文件被称为PDB的入口文件。

每一个文件对应一个大分子结构，经过惟一的ID码启动识别。

早期，每一种大分子对应一个文件，后在1997年，每一种生物大分子有了三个相关文件：全文文件、书目文件和图形文件。

每个PDB入口文件蕴含多个局部，包括题目、注释、一级结构、异质、二级结构、连通性注释、各种个性、结晶学、坐标变换、原子坐标、化学衔接和簿记等。

文件中的每行被称为一条记载或入口，共80列，最后一个字符为行完结符。

PDB文件被视为记载类型的汇合，不同于相关数据库的库文件，后者每条记载由不同数据类型和数据格局的多个字段组成，一切记载的字段结构相反。

PDB文件蕴含多种记载类型，每类记载都有不同的格局。

基于记载类型在一个PDB入口文件中产生的次数，可将记载分为六类：单次记载型、单次接续型、屡次记载型、屡次接续型、分组记载型和其余记载型。

单次记载型如HEADER、END和CRYST1仅产生一次性，没有接续局部。

单次接续型如AUTHOR、CAVEAT和COMPND在概念上存在一次性，内容超越一行时有接续批示字段。

屡次记载型如ATOM、CONECT和HELIX在文件中屡次产生。

屡次接续型如FORMUL、HETATM和HETNAM在概念上存在屡次，每条记载内容超越一行的局部有接续批示字段。

分组记载型如ENDMDL、MODEL和TER用于其余记载类别的分组。

其余记载类型如JRNL（文献援用）和REMARK（普通注释）。

每个记载类型由固定的列数宰割成多个字段，每个字段蕴含数据类型、字段名和字段定义。

S1E5 XRD物相剖析 晶体结构数据库

在关于粉末X射线衍射剖析的系列文章中，前几节已深化解说了仪器品牌、制样方法、测试条件和原位XRD的基本常识。

本节将转向实践运行，详述XRD规范卡片数据库的外围内容。

规范卡片数据库的开展始于1938年，几位迷信家整顿了1054种关键化合物的数据，这些卡片成为物相定性剖析的关键参考，随后以PDF卡片的方式颁布。

即使在数字化时代，这些数据库依然被称为“PDF卡片”，并沿用手工比对的传统方法启生物相剖析。

随着技术提高，钻研人员能够失掉更详尽的晶体学数据，如CIF文件，它们在晶体学、资料迷信等畛域中施展关键作用。

目前，关键的规范卡片数据库有ICSD、ICDD、CCDC和COD等，每个数据库收录的晶体类型各异。

例如，ICSD专一于无机晶体，而CCDC则倾向于无机和金属无机晶体。

了解这些数据库的结构和配置是启生物相剖析的基础。

关于实践操作，有专门的软件如Findit2011、PDF2-2016等，用于检索和下载ICSD数据，而Jade和EVA等物相剖析软件则与数据库联合经常使用。

PDF卡片和CIF文件蕴含丰盛的消息，如面间距、强度、晶系、空间群等，是XRD剖析的关键工具。

下载CIF文件理论经过专门的数据库网站，如ICSD、COD或CCDC的网页版，以及软件如Vesta和Diamond启动转换。

CIF文件不只能提供PDF卡片的消息，还能用于更深化的结构剖析和模拟。

在本节的开头，咱们将深化讨论如何经常使用这些工具启动CIF文件的检索，以及如何将CIF数据转化为XRD衍射图，以便启动准确的物相剖析。

接上去的文章将引见Jade和EVA的经常使用方法，协助读者更有效地利用这些技术启动钻研。