XRD物相剖析|S1E5|晶体结构数据库 (xrd的物相分析)

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• S1E5 XRD物相剖析 晶体结构数据库
• 剑桥晶体数据库助力药物研发

S1E5 XRD物相剖析 晶体结构数据库

在关于粉末X射线衍射剖析的系列文章中，前几节已深化解说了仪器品牌、制样方法、测试条件和原位XRD的基本常识。

本节将转向实践运行，详述XRD规范卡片数据库的外围内容。

规范卡片数据库的开展始于1938年，几位迷信家整顿了1054种关键化合物的数据，这些卡片成为物相定性剖析的关键参考，随后以PDF卡片的方式颁布。

即使在数字化时代，这些数据库依然被称为“PDF卡片”，并沿用手工比对的传统方法启生物相剖析。

随着技术提高，钻研人员能够失掉更详尽的晶体学数据，如CIF文件，它们在晶体学、资料迷信等畛域中施展关键作用。

目前，关键的规范卡片数据库有ICSD、ICDD、CCDC和COD等，每个数据库收录的晶体类型各异。

例如，ICSD专一于无机晶体，而CCDC则倾向于无机和金属无机晶体。

了解这些数据库的结构和配置是启生物相剖析的基础。

关于实践操作，有专门的软件如Findit2011、PDF2-2016等，用于检索和下载ICSD数据，而Jade和EVA等物相剖析软件则与数据库联合经常使用。

PDF卡片和CIF文件蕴含丰盛的消息，如面间距、强度、晶系、空间群等，是XRD剖析的关键工具。

下载CIF文件理论经过专门的数据库网站，如ICSD、COD或CCDC的网页版，以及软件如Vesta和Diamond启动转换。

CIF文件不只能提供PDF卡片的消息，还能用于更深化的结构剖析和模拟。

在本节的开头，咱们将深化讨论如何经常使用这些工具启动CIF文件的检索，以及如何将CIF数据转化为XRD衍射图，以便启动准确的物相剖析。

接上去的文章将引见Jade和EVA的经常使用方法，协助读者更有效地利用这些技术启动钻研。

剑桥晶体数据库助力药物研发

剑桥晶体数据库（Cambridge Structural Database, CSD）是科研界收藏的专业资源库，记载了宽泛的无机与金属无机化合物的晶体结构数据。

这些数据涵盖了原子坐标、空间群属性、化学键的长度与角度等消息，对化学、资料迷信、生物化学和药学钻研畛域奉献深远。

ConQuest软件，由剑桥晶体结构数据中心（Cambridge Crystallographic Data Centre, CCDC）推出，是一个高效的数据库查问工具。

它能轻松检索和剖析来自CSD的晶体结构消息，极大地助力了科研人员的上班。

本文将深化讨论宇部兴产与参天制药公司钻研团队如何运用ConQuest软件在药物研发畛域取得翻新性打破。

特意是，他们应用该软件在确定小分子药物的长处构象，开发新型选用性EP2受体激动剂方面，取得了清楚成绩。

这种激动剂在降落眼内压方面展现出了渺小后劲，不只凸显了ConQuest软件的初级配置，而且强调了CSD资源在推进医药钻研与开发翻新中的关键作用。

在运行案例中，钻研团队应用ConQuest软件在药物设计中施展了关键作用，尤其是在设计选用性非前列腺素类EP2受体激动剂方面。

他们以CP-533,536作为初始外围结构，经过软件确定了苯氧基乙酸局部的最佳改动角度及长处构象，从而设计了一系列新化合物，并验证了作为前药的化合物OMDI。

目前，OMDI已被视为治疗青光眼的临床候选药物。

钻研团队在开发EP2受体激动剂时，思考到了前列腺素E2（PGE2）经过EP受体四种亚型在多种生物环节中起的关键作用。

拉坦前列腺素（latanoprost）被用于降落眼内压和治疗青光眼，但其反作用限度了其运行。

而布他前列素等特同性激动EP2受体的化合物显示了有效降落IOP的后劲。

因此，钻研团队努力于开发具备高活性和高选用性的EP2受体激动剂。

钻研团队首先选定化合物CP-533,536作为钻研登程点，该结构具备选用性EP2受体激动剂的后劲，并在促成骨折愈合的临床实验中显示了潜在的安保性。

CP-533,536蕴含磺酰胺基团，准许对苯氧基乙酸、3-磺酰基吡啶和叔丁基苯基等局部启动独立调整。

钻研团队分阶段改良了其结构，经过药物化学和逆分解战略，完成发现了作为前药的化合物OMDI，这一化合物现已成为治疗青光眼的临床候选药物。

ConQuest软件在寻觅高活性新子结构中施展了关键作用。

钻研团队经过统计剖析确定了化合物CP-533,536中苯氧基乙酸局部的关键构象，设计了新型苯并呋喃-2-羧酸衍生物，这些化合物显示出良好的体外活性。

但是，这类结构具备较高的刚性和较低的溶解度。

因此，钻研团队将苯氧基乙酸局部的苯氧基交流为氨基吡啶基，发现了具备更高EP2受体激动活性的化合物13aa。

ConQuest软件的经常使用不只限于药物设计。

它让钻研人员能够有效地利用CSD中超越一百万个结构的资源，支持药物化学、资料迷信等多个畛域的翻新钻研。

经过深度剖析和提升分子结构，ConQuest为翻新药物的设计和发现提供了弱小能源。

正如本钻研所展现的，ConQuest的运行协助钻研团队开收回了有后劲的降眼压药物，为青光眼治疗提供了新打算。

总之，ConQuest软件作为CSD消息检索的先进工具，以其杰出的灵敏性和准确度，赋能钻研人员启动深化剖析和提升分子结构。

借助其先进的3D几何搜查技术，ConQuest不只提醒了复杂的化学结构面前的微妙，还能精准识别构象偏好，为药物研发提供了强有力的支持。

经过与CSD资源的联合，ConQuest为迷信家们提供了一个弱小的平台，推进了医药钻研与开发的翻新。